L'Albo è gestito da un' Agenzia nazionale autonoma. Il sindaco, all'inizio del proprio mandato, sceglie dal predetto albo il proprio segretario (L. 15 maggio 1997, n. 127, art. 17, commi 67-86).
Il Segretario dipende contemporaneamente dall' Agenzia nazionale e dal Sindaco, ma da quest'ultimo solo in relazione alle funzioni svolte (dipendenza funzionale). Il Sindaco procede alla sua nomina ad inizio mandato ed ha ha il potere di revocarlo solo per violazione dei doveri d'ufficio.
Alla scadenza del mandato del Sindaco, il suo successore può decidere, entro un breve termine di tempo previsto dalla legge, se confermare il Segretario in carica o sceglierne un altro tra gli iscritti all' Albo. Qualora non riconfermato, il Segretario può essere assegnato ad altri comuni o alla stessa Agenzia (che ha proprie sedi in ogni Regione).
Nell'attuale ordinamento le funzioni del segretario comunale sono stabilite dall' articolo 97 del TUEL, fra queste:
- compiti di collaborazione e funzioni di assistenza giuridico-amministrativa nei confronti degli organi dell'ente in ordine alla conformità dell' azione amministrativa alle leggi, allo statuto ed ai regolamenti;
- sovrintende allo svolgimento delle funzioni dei dirigenti e ne coordina l'attività;
- partecipa con funzioni consultive, referenti e di assistenza alle riunioni del consiglio e della Giunta e ne cura la verbalizzazione;;
- esprime il parere di regolarità tecnica sulle deliberazioni nel caso in cui l'ente non abbia personale qualificato;
- può rogare tutti i contratti nei quali l'ente è parte ed autenticare scritture private ed atti unilaterali nell'interesse dell'ente;
- esercita ogni altra funzione attribuitagli dallo statuto o dai regolamenti, o conferitagli dal sindaco;
- esercita le funzioni di direttore generale qualora le siano attribuite con provvedimento del sindaco.
